El constante transitar de peregrinos por el Camarín del Señor de Esquipulas y el mismo paso del tiempo fueron dañando considerablemente las imágenes sagradas de Altar Mayor de Esquipulas. Por esa razón luego de muchas consultas y trámites legales se logró firmar el Convenio 09-93 entre el Gobierno de la República , representado por el Ministerio de Cultura y Deportes por un lado y por Monseñor Rodolfo Quezada Toruño, Prelado de Esquipulas y Presidente del Comité Pro-Celebración del IV Centenario. Los trabajos de restauración y conservación de las imágenes terminó el 17 de febrero del año 1994 siendo entregadas las mismas en presencia del pueblo de Esquipulas, Autoridades Eclesiásticas y del Gobierno de la República.

Todos los trabajos de restauración estaban también encaminados a permitir la mayor solemnidad posible ante la ya próxima Celebración del IV Centenario del Señor de Esquipulas el 9 de marzo de 1995. Para esta ocasión el Papa Juan Pablo II envió como Delegado Pontificio al Cardenal Miguel Ovando y Bravo quién en compañía de toda la Conferencia Episcopal de Guatemala celebraron la Sagrada Eucaristía dando gracias a Dios por los 400 años del Señor de Esquipulas.

Para Clausurar el Año Jubilar del Señor de Esquipulas se hizo presente el Santo Padre Juan Pablo II quién presidió la Santa Misa en el Valle de María el 6 de febrero de 1996 ante un inmenso número de peregrinos allí reunidos. Luego de la Celebración de la Santa Misa el Papa visitó privadamente la Basílica de Esquipulas para postrarse como un peregrino más ante la bella imagen del Señor de Esquipulas ante la cual oró por la paz de Guatemala.

Como un milagro más del Señor de Esquipulas la Paz , que ya había comenzado en el interior de la Basílica de Esquipulas con la firma de los Acuerdos de Esquipulas en 1986 en presencia de todos los presidentes de Centro América, fue firmada definitivamente en el año de la visita papal a Esquipulas el 29 de diciembre de 1996.